De grootste kennisbank van het HBO

Inspiratie op jouw vakgebied

Vrij toegankelijk

Terug naar zoekresultatenDeel deze publicatie

Towards a better prediction of disease prognosis in Dravet patients

Rechten: Alle rechten voorbehouden

Towards a better prediction of disease prognosis in Dravet patients

Rechten: Alle rechten voorbehouden

Samenvatting

Het zeldzame Dravet-syndroom behoort tot een groep epileptische aandoeningen die worden gekenmerkt door epileptische afwijkingen geassocieerd met progressieve cerebrale dysfunctie4. De frequentie van Dravet komt neer op 1 kind per 20.000 tot 40.000 geboortes28. Jongens worden bij deze vorm twee keer zo vaak aangedaan als meisjes31. Een kenmerk van epileptische encefalopathieën is dat deze gewoonlijk ongevoelig zijn voor standaard anti-epileptica (AED's)4. Naast epileptische aanvallen moet er rekening gehouden worden met de zeer waarschijnlijke achteruitgang van de cognitieve en psychomotorische ontwikkeling7.
De oorzaak van Dravet-syndroom kan in meer dan 90% van de gevallen herleidt worden naar heterozygote de novo mutaties in het SCN1A gen dat codeert voor een van de belangrijke natriumkanalen in de hersenen, Nav1.131. Een positieve SCN1A-test beïnvloedt vaak de keuze van de behandeling en kan een gunstig effect op het klinisch beloop en cognitieve uitkomst hebben, vooral bij jonge patiënten. Echter worden variabele fenotypes geassocieerd met dezelfde mutatie en alleen het vaststellen van een mutatie kan verder niet worden gebruikt om het verloop van de ziekte in individuen te voorspellen. In dit project wordt gezocht naar nieuwe predictors om de uitkomst van de ziekte en in het bijzonder de cognitieve prestaties te voorspellen.
Het doel van dit onderzoek was drieledig. Ten eerste werd de methode met Moleculair Inversion Probe’s en Next Generation Sequencing voor het detecteren van mosaïcisme en varianten binnen het SCN1A gen geoptimaliseerd door het analyseren van de data van 11 families en het vaststellen van eventuele errors. Als tweede werden 22 novel varianten, die werden geïdentificeerd met NGS, met Sanger Sequencing opgevolgd om de resultaten van de NGS te bevestigen en eventuele vals-positieve resultaten te detecteren. Als laatste werd een analyse gestart om het effect van 3 varianten binnen het 5’Untranslated Regions van SCN1A op de expressie van SCN1A vastgesteld met behulp van luciferase assay’s.
Uit de analyses van de NGS resultaten van het SCN1A gen, van 11 families, geanalyseerd met behulp van IGV en vcf files bleek dat niet alle varianten konden worden geïdentificeerd. In IGV werden zeven van de elf varianten gedetecteerd, in de vcf file was dit vier van de elf varianten. daarnaast werden verschillende errors vastgesteld. De gedetecteerde errors in de NGS data omvatte Indel’s die moeilijk te identificeren waren. Daarnaast werden ook de probes aan de uiteinden van de target sequentie in deze analyse gemapt tegen de referentie sequentie. Dit resulteerde in een niet geïdentificeerde variant en een scheve Wildtype/Variant read verhouding. Een lage mapping quality had vooral invloed op de variant calls binnen de vcf files omdat deze criteria hanteren met een mapping quality van >40, hierdoor werd een variant niet gedetecteerd. Als laatste werd er geconstateerd dat niet alle posities gecoverd werden door een probe waardoor posities niet geanalyseerd konden worden.
Als tweede werden 22 novel varianten, gedetecteerd met behulp van NGS, geïdentificeerd met behulp van Sanger Sequencing. Met deze resultaten konden alle varianten worden bevestigd, er werden geen vals-positieve varianten gedetecteerd. Hieruit kan geconcludeerd worden dat de huidige NGS methode geschikt is om varianten in patiëntenmateriaal vast te stellen. Voor positie Chr6:33393588 [T/C] kon echter de variant niet worden vastgesteld, de primersets die voor deze positie werden ontworpen waren niet in staat om een specifiek amplicon te amplificeren.
Als laatste werden drie varianten binnen het 5’UTR van SCN1A, gedetecteerd met NGS, bevestigd met Sanger Sequencing. Hieruit kan geconcludeerd worden dat deze varianten zijn overgeërfd van ouder op kind. Hierna werden inserts van 2598 bp geamplificeerd met behulp van In-Fusion primers die vervolgens in een psicheck vector geligeerd kunnen worden. Uit de resultaten van de online PROMO tool bleek dat de varianten een verandering in de bindingskans van transcriptiefactoren tot gevolg zouden kunnen hebben. Uit de resultaten konden echter geen betrouwbare conclusie worden getrokken over het mogelijke effect van de varianten op de bindingskans van de transcriptiefactoren op de target sequenties. De resultaten waren uitsluitend indicatief.

Toon meer
OrganisatieAvans Hogeschool
OpleidingBiologie en Medisch Laboratoriumonderzoek-Breda
AfdelingATGM Academie voor de technologie van Gezondheid en Milieu
Datum2015-06-01
TypeBachelor
TaalNederlands

Op de HBO Kennisbank vind je publicaties van 26 hogescholen

De grootste kennisbank van het HBO

Inspiratie op jouw vakgebied

Vrij toegankelijk