Epidemiologie van ESBL genen TEM, SHV en CTX-M en het quinolonen resistentiegen qnrA ": opzetten real time multiplex PCR voor CTX-M en qnrA
Wij hanteren het label Open Access voor onderzoek met een Creative Commons licentie. Door een CC-licentie toe te kennen, geeft de auteur toestemming aan anderen om zijn of haar werk te verspreiden, te delen of te bewerken. Voor meer informatie over wat de verschillende CC-licenties inhouden, klik op het CC-icoon. Alle rechten voorbehouden wordt gebruikt voor publicaties waar enkel de auteurswet op van toepassing is.
Epidemiologie van ESBL genen TEM, SHV en CTX-M en het quinolonen resistentiegen qnrA ": opzetten real time multiplex PCR voor CTX-M en qnrA
Wij hanteren het label Open Access voor onderzoek met een Creative Commons licentie. Door een CC-licentie toe te kennen, geeft de auteur toestemming aan anderen om zijn of haar werk te verspreiden, te delen of te bewerken. Voor meer informatie over wat de verschillende CC-licenties inhouden, klik op het CC-icoon. Alle rechten voorbehouden wordt gebruikt voor publicaties waar enkel de auteurswet op van toepassing is.
Samenvatting
ESBL wordt in Nederland en dus ook in het St. Antonius ziekenhuis een steeds groter probleem. In dit onderzoek werd voor K. pneumoniae, E. cloacae en E. coli de epidemiologie bepaalt voor de ESBL genen TEM, SHV en CTX-M en voor het quinolonen resistentiegen qnrA om inzicht te krijgen in hoe groot het probleem in het St. Antonius ziekenhuis is. Ook is er een real time multiplex PCR opgezet voor CTX-M en qnrA. Deze real time PCR moet de door Lydia Kool (stagiaire MMI 2007) ontwikkelde PCR vervangen. De PCR is namelijk erg arbeidsintensief en de real time PCR geeft in 45 minuten een resultaat. Dit is ongeveer vijf uur sneller dan de oude PCR en twee dagen eerder dan de E-test die door het laboratorium wordt uitgevoerd.
Voor het bepalen van de epidemiologie is een database gemaakt. Aan de hand van formules die in de Excel database zijn verwerkt kon bepaald worden welk percentage klinische patiënten en screeningspatiënten er geïnfecteerd zijn met een ESBL of met een quinolonen resistentiegen qnrA. Ook is bepaald welke genen in de bacteriestammen het meest voor-kwamen. Zo hebben E. coli stammen voornamelijk CTX-M genen, E. cloacae stammen voor-namelijk qnrA en CTX-M genen en bij K. pneumoniae zit het SHV-1 gen geïntegreerd in het bacteriële chromosoom.
Voor het opzetten van de real time PCR zijn primers en probes ontwikkeld. Aan de hand van een validatieprotocol is de PCR gevalideerd door het bepalen van de juistheid, de selectiviteit, de detectiegrens, de robuustheid, de sensitiviteit en de specificiteit. CTX-M is onder te verdelen in vijf groepen. Er is een multiplex voormix gemaakt van de primers en probe van de vijf CTX-M groepen en van de primers en probe van qnrA. De PCR werd vergeleken met de gouden standaard de E-test. Met deze gevalideerde real time PCR worden van de wekelijkse ic screening de verdachte kolonies getest op CTX-M en qnrA. Ook worden de ESBL aanvragen van het Diakonessen ziekenhuis in Utrecht met de Real time PCR gedaan.
Organisatie | Hogeschool Utrecht |
Opleiding | Biologie en Medisch Laboratorium Onderzoek |
Afdeling | Life Sciences en Chemistry |
Partner | St. Antonius Ziekenhuis Nieuwegein |
Jaar | 2007 |
Type | Bachelor |
Taal | Nederlands |