Samenvatting

Anaërobe bacteriën vormen een groep bacteriën die over het algemeen vaak aangetoond moeten worden bij diagnostiek in de medische microbiologie om te kijken of er sprake is van een anaërobe infectie. In dit onderzoek zijn twee commerciële systemen getest: API 20 A en de RapID ANA II. Daarnaast zijn de niet-commerciële maar in-house ontwikkelde biochemische test en 16S rRNA sequentie analyse meegenomen in de vergelijking. Deze laatste is als ‘gouden standaard’ gebruikt in dit onderzoek. De API® 20 A en de RapID ANA II hebben respectievelijk een incubatie tijd van 24 en 4 uur. De in-house methode heeft een incubatietijd van ongeveer twee dagen, afhankelijk van de groeisnelheid van het isolaat. De in-house methode determineerde 51,4 % tot op het species niveau en 29,7 % tot op het genus niveau; 18,9 % was incorrect geïdentificeerd. De API® 20 A determineerde 32,4 % tot op het species niveau en 27 % tot op het genus niveau; 35,1 % incorrect en 5,4 % was niet te identificeren. De RapID ANA II determineerde 29,7 % tot op het species niveau en 32,4 % tot op het genus niveau; 35,1 % incorrect en 2,7 % was niet te identificeren.
Doordat in de toegepaste 16S rRNA analyse een fragment van 700 tot 800 bp werd geanalyseerd, is onderzocht of door amplificatie en sequentie analyse van het ‘hele’ 16S rRNA gen de analyse verbeterd kon worden. Het probleem met deze analyse lag o.a. bij de determinatie van positieve kokken, welke vaak alleen tot op het genus niveau gedetermineerd konden worden. Aangezien het in de diagnostiek belangrijk is om bacteriën tot op species niveau te determineren, zijn er drie primersets getest (27F met p13b, 27F met 787R en 8F met 1505R). Met deze primersets zijn stammen getest die in de eerdere analyse tot op genus niveau werden gedetermineerd. Het beste resultaat leverde de primerset 8F met 1505R. Vervolgens zijn er vier primers (8F, 515F, 907R en 1505R) gebruikt voor sequentie analyse. Hierdoor wordt het grootste gedeelte van de 16S DNA sequentie in twee richtingen gelezen. Met deze nieuwe 16S- en sequentie PCR werden alle stammen tot op species niveau gedetermineerd.
Uiteindelijk kon er geconcludeerd worden dat de determinatie van anaëroben met de in-house methode, t.o.v. de ‘gouden standaard’, het beste resultaat gaf. De in-house methode determineerde de meeste bacteriën tot op het genus én species niveau en had het laagste percentage incorrecte identificaties. De stammen die moeilijk of niet te determineren waren met de in-house methode konden met de geoptimaliseerde 16S analyse gedetermineerd worden.