Een onderzoek naar een kwantitatieve detectiemethode en een DNA-isolatiemethode voor giarda duodenalis
Een onderzoek naar een kwantitatieve detectiemethode en een DNA-isolatiemethode voor giarda duodenalis
Samenvatting
Op het Streeklaboratorium Kennemerland is onderzoek gedaan naar tandemrepeats in het genoom van Giardia duodenalis assemblage A. Dit onderzoek werd gedaan op DNA van gekweekte stammen. Met de bruikbare tandemrepeats die gevonden zijn , kan er onderscheid worden gemaakt tussen de verschillende stammen van Giardia duodenalis assemblage A. Hierdoor kan men dan eventueel uitspraken doen over de transmissieroute van Giardia duodenalis assemblage A. Maar om deze uitspraken te kunnen doen, zullen deze tandemrepeats toepasbaar moeten zijn op klinische monsters. Het doel van dit onderzoek was deze tandemrepeats toepasbaar te maken op faeces. Hiervoor was een isolatiemethode nodig die het Giardia DNA uit de faeces kon isoleren. Om te controleren of deze methode voldoende recovery van het Giardia DNA had, werd gezocht naar een kwantitatieve Real-Time PCR(RT-PCR) welke kleine hoeveelheden Giardia DNA kon detecteren en vervolgens onderscheid kon maken tussen Giardia assemblage A en B. De detectie limiet voor deze PCR was vastgesteld op 4,4.10-6 ng/µl. Deze limiet werd niet behaald met een RT-PCR met als target het GdH-gen van Giardia, omdat bijproducten amplificatie van kleine hoeveelheden DNA in de wegstonden. Met een RT-PCR, uit de literatuur, met als als target het β-Giardine gen van Giardia werd wel de limiet behaald. Met deze kwantitative RT-PCR werd vervolgens de recovery bepaald van de DNA isolatie kit Magnetic Extraction Reagents kit van Nuclisens®. De recovery van deze DNA isolatie methode lag tussen de 1 en 13%.
Organisatie | Hogeschool Utrecht |
Opleiding | Biologie en Medisch Laboratorium Onderzoek |
Afdeling | Life Sciences en Chemistry |
Partner | Streeklaboratorium Kennemerland |
Jaar | 2006 |
Type | Bachelor |
Taal | Nederlands |